镇反运动结束后，汉区一些残余反革命分子并未停止破坏，有的窃踞基层重要职务，进行反攻倒算。有的毒打农民；有的造谣煽动。一些地方反动会道门秘密复僻活动。西昌专区1954年初统计，全区有这类线索80余件；凉山州仅普雄县3月调查，就有百余件。同时，杀人、放火、抢劫、私买枪弹案件亦不断发生。1954年7月至1955年上半年，凉山州少数民族地区和彝汉结合部先后发生10余起武装反抗进军事件。

 

　　1954～1955年上半年，根据第六次全国公安会议精神，两专州各地公安机关加强专案侦察工作，开展隐蔽斗争继续清查和追捕一批残敌。西昌、越西、会理、会东等4县对已取缔反动会道门人员进行集中审查，打击一批有破坏活动的首要分子。1954年，对会东县水坪子、文箐两地一贯道复辟活动进行清理，集训坛主、道徒117人，逮捕坛主12人，道徒2人，召开8000人公判大会，处决主要道首。1954年下半～1955年初，西昌专区公安机关，在保卫粮食统购销工作中，陆续打击100余名残敌。1955年4月，会理县公安机关，通过专案侦察，捕获隐藏6年之久的国民党保密局设计委员，办公室主任兼处长陈自平。4月16日，宁南县从松林乡一坛 主家地洞内捕获漏网一贯道点传师等8人。7月，会理县石坝乡捕获漏网一贯道前人张文彦等34人，缴获黄金33两，子弹12发，凶刀1把，反动罪证一批。

 

　　在少数民族地区清捕反革命分子、从汉区镇反运动第一阶段起，一直没有放松。本着“谨慎从事，稳步前进”和“交出来，要出来，抓出来”等方针开展清捕。1953年3月，镇反运动结束，凉山区普雄、布拖等县公安机关和四川凉山工委冶安部门团结上层继续清理30余名匪首。同年7月，随着进军瓦岗取得胜利和新区工作的开辟，大大缩小匪特活动面。经过争取，7月有江防大队长邓大斌等10余名汉匪向政府自首。12月24日击毙制造黄坪事件，潜伏在瓦岗的匪首刘俊辉。2月15日至19日，瓦岗地区头人陆续交出汉匪一批，至此瓦岗地区的股匪基本消灭。2至3月，凉山区以捕捉匪特和其它反革命分子33人，其中首要分子和骨干13人；5月，金阳、布拖等县继续捕获汉匪29人。10月中旬，甘洛地区通过工作，头人交出匪特和国民党军官等14人。至1954年12月，全区共清捕匪特和反革命分子170余人，其中头人和群众捕交的74人，占43%，内有国民党112军34师少校政工主任刘某和国民党军营长、后任反共抗国军参谋长胡某。这段时间，还先后平息数起反抗进军事件。较大的是1954年9月9日，美姑县牛牛坝阿侯等家发动1000余人的武装袭击军政人员事件。事态平息后得知，此次反抗有汉人匪特高明岗、陈老二等7人参加。9月13日，动员阿侯家将高明岗交出，高于途中服毒自杀。当月，四川凉山工委各工作团治安组织，配合进军，共清捕牛牛坝、中山坪、西苏角、天喜等地汉人反革命分子及嫌疑人员16人。

　　西昌专区这一时期亦在少数民族地区平息1954年7月宁南县骑骡沟彝族大头人禄阿莫，在云南巧家逃亡汉人匪首李崇芝煽动下发动的武装叛乱。1955年7月，两专州各级公安机关根据公安部召开的全国公安厅、局长会议精神，贯彻中央关于同反革命分子和各种犯罪分子作斗争的指示，决定开展肃清残余反革命分子的集中打击行动。各地建立镇反办公室，捕人、起诉、审判严格遵守宪法和法律。规定这次搜捕虽不完全采取运动形式，但亦不零打碎敲。同年7月24日，西昌专区各级公安机关按地委通知，抽调223名干部参加统一行动。

　　凉山州各地公安机关，在清捕反革命过程中，于1955年下半年同样采取集中搜捕方法打击各种反革命破坏。7月在凉山工委统一领导下，凉山公安处和驻雷波的临时军政委员会公安处，以昭觉、雷波、金阳等汉族人口较多，敌情较为复杂的县区为重点，组织州县联合工作组7个，48人，对290余名重点人员进行调查核实后，逮捕70余人。其余各县亦逮捕一批。