菱湖鎮下轄6個社區、28個行政村(574個村民小組)（2007年），鎮政府駐地為菱湖鎮東柵路8號。

• 社區：西栅社区、东栅社区、南栅社区、北栅社区、下昂社区、建豐社区。

• 行政村：東河(14)[2]、南浜(14)、勤勞(14)、王介墩(22)、陳邑(16)、楊介巷(25)、費介埭(21)、勤儉(18)、水產(6)、沈介埭(6)、南雙林(36)、盧介莊(33)、永福(17)、菱東(19)、建豐(17)、永豐(16)、達民(24)、思溪(27)、下昂(23)、新廟里(33)、竹墩(22)、六堡里(23)、射中(38)、千豐(28)、三溪(20)、山塘(14)、許聯(16)、楊港(12)。