1904年6月30日满州军总司令部（总司令官大山岩陆军元帅）出击前新编制的四个军（1-4）之组织辖下:

第一军

近卫师团（师团长浅田信兴中将），第2师团（师团长西宽二郎大将，后换为西岛助义中将），第12师团（师团长井上光中将），兵站部后备步兵十二大队，同骑兵（支队长秋山好古少将），炮兵各一中队，并同工兵若干。

第二军

第3师团，第4师团（师团长冢本胜嘉中将），第6师团（师团长大久保春野中将），后备步兵第11旅团，骑兵第1旅团，野战炮兵一旅团，兵站部后备步兵二大队，工兵一中队。另总司令部付总予备第8师团（师团长立见尚文中将）。

第三军

第1师团（师团长松村务本中将），第9师团（师团长大岛久直中将），第11师团，后备步兵第1旅团，同第4旅团，野战炮兵第2旅团，攻城特殊步队（攻城炮兵司令官丰岛阳藏少将，并兼第3军炮兵部长），（并包含由第1军转属的野战重炮兵）。尔后再加入第7师团（师团长大迫尚敏中将，原团部驻防地日本旭川，1904年11月20日由大连登陆并入第3军），后加入骑兵第2旅团。

第四军

第5师团（师团长木越安纲中将），第10师团（原师团长为川村景明，后调为鸭绿江军司令官，师团长换为安东贞美中将），后备步兵第10旅团，兵站部后备步兵二大队，同工兵一中队，后加入后备第3旅团，及后备第11旅团。（独立第10师团，于1904年5月19日在辽东半岛大孤山登陆，尔后扩编成第四军。）

鸭绿江军

第11师团（师团长鲛岛重雄中将），后备第1师团（师团长阪井重季中将），后备第16旅团。

总予备

1905年2月20日，日军总司令部在烟台对各军司令官发下奉天会战的作战命令，而各军除再作师团部队调整外，并加入总予备军，组织辖下第3师团（师团长大岛义昌中将），后备第1旅团，后备第13旅团，及后备第14旅团。